Khu vực Nam Khun ban đầu thuộc Nam Yuen. Chính quyền đã lập tiểu huyện (king amphoe) ngày 15 tháng 7 năm 1996.[1]

Theo quyết định của chính phủ Thái Lan vào ngày 15 tháng 5 năm 2007, tất cả 81 tiểu huyện đều được nâng lên thành huyện.[2] Với việc đăng công báo ngày 24 tháng 8, việc nâng cấp này thành chính thức.[3]